gitosis のリポジトリからの clone の仕方に悩んでいたのですが、なんのことはなく URL ではなく git に指定するのと同じ識別子を与えればよいようです。たとえば、gitosis のサーバが gitosis というアカウントで smartnova というサーバで動いていて、そこの colorscience.git の複製を作成する場合は、”Project” メニューの ”Clone …” を選択し、以下を記入するだけです。

gitosis@smartnova:colorsicence.git