わたしが論文を執筆しているときの作業環境です．フォルダはスクリプト，執筆マニュアル，画像ファイル，書式設定，論文の内容の保存に使い，そのほかに組版ずみの最新版のPDFがあるだけです．この作業用フォルダはDropbox上にあって，共著者とも共有しています．
LaTeXを使うといろいろな中間ファイルが生成されますが，それらは共著者には邪魔なので他に出力するようにしています．
また，主なファイルは Git で管理しているのですが，Git リポジトリも共著者には迷惑だと思うので，別な場所に保管しています．実は，それがトラブルを起す場合もあるのですが．．．
Dropbox 共有しながら共同執筆するときのちょっとした工夫を紹介します．
LaTeX の中間ファイルで執筆環境を汚さないためにはどうすればいいの？
私は latexmk を使って作業をしています．ここ数年，TeXShop を使ったり，コマンドラインを使ったりもしてきましたが，latexmk に落ち着きました．この簡単なツールをうまく使うと，自分では tex ファイルを編集したり，画像ファイルを作成するという本来の執筆作業に集中できます．ファイルを保存したり，文献データベースを更新したり，画像を更新すると自動的に裏で latexmk が面倒な作業をしてくれるので，テキストエディタに併置したプレビューアの表示を確認するだけで作業を継続できます．
で，中間ファイルのことですが，latexmk の設定ファイルのなかで $aux_dir と $out_dir を設定するだけです．わたしの設定は以下のようになっています．
$aux_dir = "$ENV{HOME}/.tmp/tex/" . basename(getcwd);
$out_dir = $aux_dir;
つまり，論文の作業フォルダの名前が great_articleならば，中間ファイルは~/.tmp/tex/great_article` に保存されます．このように中間ファイルを Dropbox の外のディレクトリに保存すると Dropbox の更新頻度を低減できるような気もします．
ご参考のために，これがわたしの設定です．
Git リポジトリを共著者と共有しないようにするには？
Git リポジトリを作成するときに git init コマンドを使いますが，この引数に --separate-git-dir というものがあります．普通は Git は現在のフォルダのなかにリポジトリフォルダを作成しようとしますが，--separate-git-dir を利用すればどこか他に作成することができます．
私は，論文執筆のために mypapers という名前のフォルダを使っています．さきほどの great_article の例を使えば，mypapers/great_article というようにフォルダを構成します．で，この great_article フォルダの Git リポジトリを作成するためにこのフォルダの中で以下を実行します．
git init --separate-git-dir ../.git/great_article
これでリポジトリは近所の別の場所に保管され，共著者の迷惑にならないようにできます．共著者の人々にも執筆状況の履歴を確認してもらうために，bitbucket と同期しています．
Dropbox 共有で嫌われないための Vim の設定
Vim に限ったことではありません．いろんなツールが一時ファイルやバックアップファイルを保存するのですが，それらを本当に Dropbox に保存する必要があるのでしょうか？また，Dropbox 共有していると，グループのだれかの「ホゲホゲ.swpが更新されました」を通知されるのも鬱陶しいです．そういったことを避けるための設定が以下です．
set backupdir=$HOME/.tmp/vim/backup let &directory = &backupdir set undodir=$HOME/.tmp/vim/undo
