長年の Vi/Vim ユーザでありながら，よく言えばストイックに，実際のところは単なる無知から不便な使い方をしていたのが，NERDTree というものを知ったその日から世界が変った気でいたのが数年前のこと．それから昨日になるまで，NERDTree にファイルのブックマーク機能があることを知らずに過していました．:help nerdtreeすれば，すぐに目に入るところに解説されているというのに．．．不明を恥じます．そして，もしも NERDTree やそのブックマーク機能を知らない人がいたらすぐに試してみるべきです．

vim-plugin NERDTree で開発効率をアップする！あたりが参考になると思います．

あまり当てにならないと思いますが，ぼくの NERDTree についての設定内容です．

" 以下のファイルは vim からは見たくない
let NERDTreeIgnore = ['.[oa]$', '.cm[aiox]$', '.cmxa$', '.(aux|bbl|blg|dvi|log)$', '.(tgz|gz|zip)$', 'Icon' ]

" nerdtree が提示するファイルの順番を OSX と同じにしたい
let NERDTreeSortOrder = [ '*', '^..*' ]
" au VimEnter * NERDTreeToggle /Users/wakita/Dropbox

let NERDTreeBookmarksFile=$DROPBOX . '/lib/vim/user/nerdtree-bookmarks'

" NERDTreeでルートを変更したらchdirする
let g:NERDTreeChDirMode = 2

nnoremap <silent><C-e> :NERDTreeToggle<CR>