表記のとおりです。c:/wakita をホームとして使っていて、このディレクトリを環境変数のHOMEにも指定しているのに、c:/Users/wakita/.ssh を見にいってしまいます。man でも調べたけれども、環境変数を設定せよと書いてあるのに。

で、ググったら加藤くんのページにヒットしました。/etc/passwd にホームを設定するようにとのことです。詳しくは彼の記事を。

wakit_000:*:XXXX:YYYY:ZZZZ,WWWW:/cygdrive/c/wakita:/bin/zsh

ちょっとはまったのは、ユーザも間違えて wakita に書き換えてしまったためでした。Windows に登録されているアカウント名と照合するのですから、wakita ではなく wakit_000 のままにしておけばよかったのです。

ついでに、加藤くんの記事に書かれていた /etc/fstab のマウントもいじっておきました。もともとはシンボリックリンクでごまかしていたのですが、mount の方がきっとよいのでしょう。