いくつかの文字はpLaTeXのなかで特殊な扱いを受けます。

たとえば%はコメントの始まりを表す記号です。ですので、文章中に%と書くと%とその行の%の後ろに続く部分は出力されません。

同様に$は数式モードの表現に、&は表は連立方程式の書式に、~は明示的な一文字分の空白を表します。これらの特殊な文字を入力するには特別な配慮を要します。

ここの記述は熊沢先生の解説ページを参考にして書きました。